Nuovi approcci per la progettazione di peptidi antimicrobici
La ricerca di nuovi farmaci per combattere le infezioni batteriche è sempre in corso. I peptidi antimicrobici (AMP) emergono come una classe promettente di terapie. Tuttavia, la progettazione di questi peptidi è una sfida a causa dell’enorme numero di possibili sequenze di amminoacidi. Un nuovo studio, pubblicato su arXiv (arXiv:2510.17569v2), esplora un approccio innovativo a questo problema.
La ricerca si concentra sull’utilizzo di modelli generativi profondi, come gli autoencoder variazionali, per modellare lo spazio delle sequenze. Questi modelli mappano le sequenze in uno spazio latente continuo, semplificando la ricerca di sequenze ottimali. Gli autori hanno investigato tre aspetti chiave: la riduzione dimensionale dello spazio latente, l’organizzazione dello spazio latente in base alle proprietà fisico-chimiche e l’interpretibilità degli spazi.
I risultati suggeriscono che l’utilizzo di una versione a dimensionalità ridotta dello spazio latente può migliorare l’interpretazione e l’efficienza dell’ottimizzazione. Inoltre, l’organizzazione dello spazio latente con proprietà fisico-chimiche specifiche può migliorare l’efficacia della ricerca, anche con un numero limitato di dati etichettati. Questo lavoro getta le basi per procedure di progettazione di peptidi basate su principi biofisici, aprendo nuove strade nella lotta contro le infezioni batteriche.
Paper: ArXiv.org